Okazało się, że wiele firm, postępowało błędnie. Opierały się na wcześniejszych interpretacjach indywidualnych, które w tak jednoznaczny sposób nie określały tej powinności. Zaliczały do kosztów podatkowych kwoty podatku od nieruchomości przekazywane na ZFRON.
Obowiązkiem Zakładu Pracy Chronionej jest utworzenie ZFRON. Fundusz ten zasilany jest m.in. kwotami ze zwolnień podatku od nieruchomości. Argumentem przemawiającym za uznaniem kwoty zwolnień z podatku od nieruchomości za koszt uzyskania przychodu były liczne interpretacje podatkowe, uznające kwotę zwolnień podatkowych od nieruchomości za koszt uzyskania przychodu. Ministerstwo Finansów w piśmie z 4 stycznia 2002 roku uznało, iż zarówno podatek od nieruchomości, jak i zaliczki od wynagrodzeń podatnika prowadzącego zakład pracy chronionej stanowią koszty uzyskania przychodów.
Ponadto interpretacje indywidualne wydawana przez organy podatkowe wielokrotnie potwierdzały prawo podatnika do zaliczenia podatku od nieruchomości do kosztów uzyskania przychodu. Przytoczmy dla przykładu interpretację Pierwszego Wielkopolskiego Urzędu Skarbowego w Poznaniu z dnia 15 lutego 2006 r., interpretację Urzędu Skarbowego we Wrześni z dnia 14 września 2005 r., czy interpretację Urzędu Skarbowego w Jaśle z dnia 27 grudnia 2004 r.
Po interpretacji Ministra Finansów wiele firm zmuszonych jest robić korekty za parę lat wstecz i z tego tytułu dokonywać zwrotu podatku, z należnymi odsetkami. Stawia to te firmy w bardzo trudnej sytuacji finansowej – mówi doradca prawny POPON Mateusz Brząkowski.
W ocenie Polskiej Organizacji Pracodawców Osób Niepełnosprawnych interpretacja ogólna Ministra Finansów powinna zostać zmieniona. Na ręce Ministra został przekazany protest w sprawie tej interpretacji oraz postulat jej zmiany.
